电影筛选第一部中，小马哥（周润发 饰）死在乱枪之下，宋子豪（狄龙 饰）和弟弟宋子杰（张国荣 饰）冰释前嫌，英雄的故事还在继续。 警方怀疑宋子豪的恩师龙四（石天 饰）利用船厂做掩护，暗中操纵伪钞集团，派宋子杰去接近龙四的女儿小辉，做卧底，宋子豪为了弟弟的安全，不得不假释出狱，协助警方调查。 其实，龙四对手下的犯罪行为并不知情，他被亲信高英培陷害，不得不逃亡纽约，女儿的被害，使他精神失常，在小马哥弟弟阿健（周润发 饰）的帮助和保护下，才渐渐恢复神智。出于道义，阿健放弃了经营多年的餐厅，同龙四共同返港。 香港这边，宋氏兄弟几近艰险终于获得了高英培的信任，掌握了伪钞集团的犯罪证据，和阿健、龙四会和后，四人策划了火爆的复仇行动，也付出了鲜血甚至性命的代价。
黑社会老大阿关（梁家辉 饰）事业不错，家庭却一塌糊涂：儿子Sid（房祖名 饰）是个摇滚叛逆青年，一心想继承老爸的事业；女儿Sina（何超仪 饰）是宠物医生，和同事Michael谈恋爱，和老爸的生活格格不入。 Sid因为抢另外一个帮会老大老马（曾江 饰）的女人Carmen（郑希怡 饰），不得不逃到台湾偏僻的山区避难，和他一起的还有阿关的得力助手阿照（张耀扬 饰） 在台湾，Sid加入了禅鼓山人，改名阿道，认识了鼓队中的女孩红豆（李心洁 饰），在鼓队朴素的生活中获得了心灵的平静；阿照也在社区学校上课，找到了人生的目标。 在香港，因为Sid的出逃，阿关生意受到了影响，但也因此和女儿Sina和解，接受了她的生活和感情。 同时，禅鼓山人世界巡演开始，第一站就是香港。当Sid和父亲阿关渐渐互相了解，开始冰释前嫌，阿关却在监狱中被暗杀。 Sid简单的生活被打破，社团的生意、和老马的恩怨接踵而至，他如何面对这一切？
金轮国王妃（叶玉卿 饰）与表哥欧阳锋（梁朝伟 饰）有染，为霸占江山，他们毒死了国王，但没找到传国玉玺。得知玉玺在前往九宫山找寻其师父求助的三公主（林青霞 饰）手里后，欧阳锋企图抢到手但没成功。糊涂国师（张曼玉 饰）在淫威下屈服，查出三公主的具体下落，欧阳锋乘火箭金靴追赶 ，却误脱落一只插死刚出关的王重阳（钟镇涛 饰），奄奄一息的王重阳恳求适逢路过的三公主找到其师弟周伯通（刘嘉玲 饰）代为报仇。逃到九宫山的三公主邀得师弟黄药师（张国荣 饰）与师妹（王祖贤 饰）相助，再加上前来寻找表妹的洪七（张学友 饰）、找到真心人才能成仙的段智兴（梁家辉 饰），一场与欧阳锋的生死恶战蓄势待发……
三百年前，一个岛上渔村的村民将一队路过的护送贡品官兵尽数杀死，并不慎惊醒了一具秦尸，借宝物力量将其封印。自此，此地村民不事生产却凭借祖传财宝衣食无忧。驻岛警察石春（元奎 饰）怀疑村民制毒谋利，令两名助手陈龙士（杜德伟 饰）、小钢炮调查多时但一无所获。是日，一戏班来岛上演出，疑心戏班与村民里应外合贩毒的石春出面调查，不期然使戏班的九姐（吴君如 饰）对自己一见钟情。当夜，九姐和戏班中的阿秋（陈淑兰 饰）、林老师（卢冠廷 饰）偶然得到从村民中泄露出来的藏宝图，三人试图将村中宝藏据为己有，却惊动秦尸令其再出人间，复仇的冤魂在村中大开杀戒，石春为斩妖除魔，犯险寻找古时宝物——钟馗宝剑。
西仙子与徒儿阿孙及阿猪前往「女儿国」拜见女皇金国。金国之妹银国从丞相口中得知......
永祥（周华健 饰）的家庭矛盾随着香港九七回归临近而有所抬头，因为妻子凯迪（叶童 饰）坚持要移民加拿大，而永祥则觉得暂时不是时候。正当大环境面临着变迁的时候，永祥的公司内部也发生了一场地震。 永祥的配音公司新来了女上司邓铃（钟丽缇 饰），并要开除一直以来很照顾永祥的添叔。起初，永祥不相信添叔做了些违反纪律的事情，但是，一次录音事故，却让他不得不怀疑添叔的确在暗处捣鬼。他和邓铃二人在工作中情愫暗生，并化作永祥为公司卖命工作的动力。而不知情的凯迪亦同意先带女儿迁往加拿大。 表面上暂时平静的局面很快被打破。永祥无意中听到了邓铃不为人知的秘密，而妻子也知道了丈夫的出轨实情，永祥的境况陷入一片狼藉。
在马新贻(郑浩南)的祭台下，赤裸的凶手黄莲(甄楚倩)惨被凌迟。事缘马与莲兄及未婚夫不打不相识，马、莲更互相倾慕。原来马为两江提督，表面正人君子，却趁机向莲嫂加以淫辱，莲目睹一切……
1998年，香港回归后发生了天翻地覆的变化。而此时的铜锣湾亦发生了天翻地覆的变化，这个洪兴设陈浩南（郑伊健 饰）揸Fit的地盘来了两个新人物，一个是东升社的司徒浩南（郑浩南 饰），一个是湾仔区的新任高级督察李Sir( 李修贤 饰) 。 司徒浩南野心勃勃，一直意欲取代陈浩南在铜锣湾的位置，将其赶出铜锣湾。马来西亚一拿督（秦沛 饰）要搞赌船，主动找到陈浩南要求合作，其实暗中勾结司徒浩南，整蛊陈浩南。另一方面，李Sir在追查陈浩南的过程中，生出了少许英雄识英雄的感情。 一山不能容二虎，两个浩南最终的决斗开始了！
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